Isto pode depender de vários fatores, desde um driver defeituoso, corrompimento do sistema ou até mesmo problemas de hardware e/ou onde o computador está instalado (problemas de energia como picos, falta de alimentação, etc).
Procure ver se a instalação elétrica está adequada com aterramento e uma tomada dedicada para a máquina, verifique se o hardware não está com conflitos (o Pen Drive Tools tem várias ferramentas de teste de memória RAM, HD, processador e vários outras) e se o Sistema Operacional está instalado corretamente.
Em geral uma formatação resolve, porém é válido que você veja se todos estes padrões seguem de acordo para evitar dores de cabeça lá na frente, pois isso previne muita coisa.